月餅的餅餡一般分為軟硬兩種，軟餡中含水分較多，只能保存7到10天左右，而硬餡月餅則可保存1個月左右。盒裝月餅，應將盒蓋打開，使其通風；另外，因月餅中含脂肪較多，存放時還應注意避光，以防油脂氧化。
月餅要輕拿輕放，尤其是蘇式月餅因皮酥松，比較容 易破碎。如果餅皮脫落，不僅影響外觀，而且影響口味、質量，并且易受潮變質。
月餅含有豐富的油脂和糖分，受熱受潮都非常容易發霉、變質，所以一定要將月餅存放在低溫、陰涼、通風的地方。一般來說，月餅皮軟、水分大、易變質，將月餅連帶包裝盒一起放入冰箱冷藏室，食用前一小時取出，可保證它的口味。在25℃的氣溫環境下，杏仁、百果等餡心月餅可存放15天左右；豆沙、蓮蓉、棗泥等餡心月餅，存放時間則不宜超過10天；如果氣溫超過30℃，月餅存放的時間還應該適當縮短，一般不宜超過7天；至于鮮肉、雞絲、火腿等月餅，應隨買隨吃。
月餅存放時，不宜與其他食品、雜物放在一起，以免串味，失去應有的口味和特色。